La metagenómica es el estudio del conjunto de genomas presente en muestras ambientales sin necesidad de aislar y cultivar esas especies. Pocos estudios de metagenómica han evaluado la diversidad de los microorganismos asociados a los manglares y ninguno caracterizó las comunidades fotosintéticas. En cuanto a las comunidades cultivables, varias publicaciones son relacionadas a los microorganismos asociados con los sedimentos y la rizósfera de los manglares pero pocos estudios son específicos de las diatomeas a pesar de su importancia ecológica y acuícola. El objetivo de la presente investigación fue caracterizar las comunidades de microorganismos en desarrollo sobre geotextiles asociados a las raíces de Rhizofora mangle y aislar cepas de diatomeas caracterizadas molecularmente. El análisis metagenómico ha sido dirigido al ADN ribosómico plastidico 23S para las comunidades microbianas fotosintéticas y al ADN ribosómico 16S para los procariotas. Los microorganismos fueron colectados sobre sustratos artificiales, ubicados en el canal de marea Puerto Rico, Tumbes, Perú entre los meses de noviembre del 2013, a junio del 2014, para el análisis del 23S y en el mes de marzo del 2014 para el análisis de 16S. La caracterización a nivel metagenómico dirigido al 23S indico que el grupo prominente pertenece a las algas verdes (70,7%) dominadas por algas unicelulares (Prasinophyceae 50,4%, Trebouxiophyceae 6,8%, y las Pedinophyceae 4,6%) y en menor proporción por macroalgas verdes (mesostigmatophyceae 8,9%). Los análisis metagenómicos de este estudio indican una predominancia de Proteobacteria y de Bacteroidetes.